לאור אהבתו הרבה לבעלי חיים יהודה התמנה לראשונה בהיסטוריה של עיריית ירושלים לתפקיד מחזיק תיק השירות הווטרינרי. כיום יהודה אמון ודואג לפיקוח על בעלי החיים בירושלים מתוך מטרה לשמירה על בריאות הציבור, בעלי החיים ואיכות הסביבה.

אגף זה מגן על הציבור מפני מוצרי מזון פגומים שמקורם מן החי ודואג לשפר את איכותם.

האגף פועל למניעת מחלות בעלי-חיים ומחלות המשותפות לבעלי-חיים ולאדם. דואג להדברתן, אבחון מחלות וביצוע מחקרים בהן, פיקוח על יבוא ויצוא של בעלי-חיים ותוצרתם, מחקר ופיתוח בתחום הרפואה הווטרינרית ופיקוח על החזקת בעלי חיים.

בנוסף, האגף מפעיל מרכז אימוץ לכלבים ולחתולים, ומשתף פעולה עם גופים ועמותות שונים הדואגים לבעלי חיים.

יהודה חבר דירקטוריון פעיל בגן החיות התנ״כי.